A Área X está isolada do restante do mundo há décadas, e a natureza tomou para si os últimos vestígios da presença humana.
Uma primeira expedição de reconhecimento voltou de lá relatando uma terra intocada, um paraíso edênico; a segunda terminou em suicídio em massa; a terceira, em um tiroteio dentro do próprio grupo. Até que os membros da décima primeira expedição retornaram como meras sombras do que eram e, após algumas semanas, morreram de câncer. Em Aniquilação, primeiro volume da trilogia Comando Sul, o leitor se junta à décima segunda expedição.
O novo grupo é formado por quatro mulheres: uma antropóloga, uma topógrafa, uma psicóloga — líder da missão — e uma bióloga, a narradora do livro. Seus objetivos são mapear o terreno, identificar todas as mudanças ambientais, monitorar as relações entre elas próprias e, acima de tudo, não se contaminarem.
As mulheres atravessam a fronteira esperando o inesperado... e é exatamente isso o que encontram. Mas o que de fato vai definir os rumos da expedição não é o que está lá, e sim o que elas trazem consigo desde o outro lado da fronteira e os segredos que guardam umas das outras.